任何一种新疗法广泛应用临床前，必须经过严格的的临床试验，研究其适应证及禁忌证。骨肌系统体外冲击波疗法适应证完全不同与冲击波碎石术，但因其技术源自冲击波碎石术，除了局部禁忌因素外，它的全身禁忌因素与冲击波碎石术基本相同。
　　适应证　1、骨组织疾病主要有骨折延迟愈合、骨折不连接及股骨头缺血性坏死。2、软组织慢性损伤性疾病：主要有肩部慢性损伤性疾病肩峰下滑囊炎、肱二头肌长头腱炎、钙化性岗上肌腱炎。3、肘部慢性损伤性疾病：主要有肱骨内上髁炎、肱骨外上髁炎。4、髋部及膝部慢性损伤性疾病，如弹响髋、跳跃膝（胫骨结节骨骨骺骨软骨炎）。5、足跟部疾患如跟痛症及足底筋膜炎。
　　禁忌证　1、严重心脏病、心率不齐及高血压患者 年老体弱，全身情况很差；2、安装有心脏起搏器患者：避免造成心脏起搏器工作异常；3、出血性疾病凝血功能障碍患者；4、使用抗免疫药剂：免疫抑制有可能影响冲击波疗法诱导的组织损伤修复过程；5、各类肿瘤患者：避免造成肿瘤生长加快及扩散；6、孕妇；7、感染及皮肤破溃患者；8、冲击波焦点位于肺组织者；9、大段缺损性骨不连：骨缺损大于3CM者应行手术植骨治疗。